中国农业科学院特产研究所设有6个研究室，分别代表不同的研究领域，并在各自的研究领域内为中国特产业作出了相应的贡献。6个研究室分别为：经济动物研究室、生物技术研究室、野生动物人兽共患病研究室、经济动物预防兽医学研究室、药用植物研究室、特作园艺研究室。

      经济动物研究室：围绕珍贵经济动物（茸鹿、毛皮动物、珍禽等）的品种资源、遗传育种、饲料营养、繁殖技术、生产管理以及保护生物学等领域，开展产业发展中具有普遍性、方向性、关键性的研究。现已取得多项研究成果，成为我国茸鹿、毛皮动物的研究中心。

      生物技术研究室：是我所刚刚起步的一个研究室，它围绕特种经济动物、特种经济植物分子生物学领域，重点开展特种经济动物遗传资源、特种经济动物分子标记、特种经济动物功能基因组学、鹿茸生物反应器、特种经济动物分子营养和药用植物分子生物学基础研究。

      野生动物人兽共患病研究室：主要针对野生经济动物病毒性传染病和野生动物人畜共患传染病开展病原学、流行病学、诊断和预防控制研究。承担科技部社会公益、科技部农业科技成果转化、国家星火计划、吉林省重大科技攻关等项目的研究，现已成为我国特种经济动物疫病防制研究中心。

      经济动物预防兽医学研究室：主要研究经济动物疫病的流行规律、临床和病原特性以及新型、快速、特异诊断方法和新型高效疫苗的研制。重点进行畜禽病毒性传染病病原学和免疫学研究及相关生物制品研制。

      药用植物研究室：研究方向覆盖中药提取物、药用植物资源、药用植物栽培、药用植物育种、植物营养和植物保护及以先进技术为主导的科学探索等诸多方面，旨在取得有重大影响的研究成果，具体分为以下两大研究方向：（1）药用植物种质资源的收集、保护和利用；（2）药用植物质量的综合评价。

      特作园艺研究室：以我国东北地区的特种经济植物为研究对象，开展资源的收集、评价、保存及高效利用等研究工作。主要研究山葡萄、北五味子、软枣猕猴桃、山楂、越橘、抗寒桃、秋子梨、刺五加等11科21属53种特种经济植物。历经数十年的研究与实践，取得了一系列的科研成果，为特种经济植物人工栽培产业化发展提供了强有力的技术支持。